Haute Ecole de la Province de Liège

Microbiologie / Bactériologie théorie :

Les bacheliers en biochimie sont amenés à travailler dans des laboratoires de contrôle ou de recherche, c’est pourquoi le cours de Microbiologie et Bactériologie envisagera l’étude des techniques de détection et d’identification des microorganismes couramment recherchés dans les contrôles qualités en agro-alimentaire ou dans les produits pharmaceutiques. Alors que  le cours de 2° année a abordé les techniques classiques de dénombrement des germes, le cours de 3° année envisagera les techniques moléculaires utilisées pour l’identification et le dénombrement des organismes.

Les productions microbiennes classiques ayant été vues en 2° année, le cours de 3° sera axé sur  les techniques de productions de molécules recombinantes ainsi que les contrôles qualité effectués  sur ces produits.

Par ailleurs, les techniques permettant l’étude des relations microbiennes au sein des écosystèmes seront  envisagées.

Enfin, les mécanismes évolutifs expliquant l’apparition des germes pathogène et de la résistance aux traitements seront développés.

Microbiologie / bactériologie TP :

Les travaux pratiques de "Microbiologie et Bactériologie" seront principalement consacrés à l’étude des productions microbiennes et plus particulièrement aux techniques d’amélioration des souches ainsi qu’aux nouvelles techniques de détection des microorganismes. 

Biosécurité

Les normes de sécurité, de biosécurité et les notions de bonnes pratiques de laboratoire sont de plus en plus répandues dans les secteurs susceptibles d’employer nos bacheliers, que ce soit en agro-alimentaire, dans le domaine pharmaceutique, biomédical ou biotechnologique.

Un suivi des modifications des normes à respecter dans ce domaine est proposé dans ce cours. De plus en plus d’entreprises et d’institutions du secteur s’équipent d’infrastructures de niveau de biosécurité BSL3. Citons comme exemple GSK, Novasep, le CER Marloie…

Pratiquement, la formation en biosécurité permet aux étudiants d’apprendre tous les niveaux de biosécurité en laboratoire et plus particulièrement, à manipuler dans des laboratoires sécurisés de type L3 et L2+.

Ce cours est une composante indispensable de l’UE Microbio.

Microbiologie / Bactériologie théorie :

I. La composition du monde microbien (caractéristiques générales des cellules procaryotes,  Nomenclature et classification des microorganismes)             

II. Nouvelles méthodes de mise en évidence des bactéries

Méthodes de détection et de dénombrement en assurance qualité

Aperçu des approches classiques

L’approche génétique (PCR, PCR en temps réel, PCR digitale, PCR isothermes,…)

Méthode de détection basée sur des tests rapides (Techniques immunologiques, Détection par phages,..)                       

III. Méthodes d’études en écologie microbienne                          

Notions de métagénomique                          

IV. Productions microbiennes                                                                                

Technologies microbiennes avec des organismes modifiés

Production de protéines recombinantes

Facteurs à maîtriser, contrôles qualité

V. Evolution microbienne

Microbiologie / bactériologie TP

Les laboratoires seront divisés en deux parties :

- Génie génétique : Construction d'un vecteur navette Escherichia coli - Saccharomyces cerevisiae; étude de la production de protéines hétérologues

- Nouvelles méthodes de détection et dénombrement des microorganismes

Biosécurité

PARTIM THEORIE :

Aspects législatifs concernant les organismes pathogènes et les OGM :

Introduction aux différentes normes existantes, les recommandations de l’OMS, la législation européenne et sa transposition dans le droit belge.

Le risque Biologique :

Notion de classe de risque, les différentes catégories d’organismes, le principe de précaution. Evaluation et gestion du risque.

Les OGM et les agents pathogènes :

Classement des OGM et des organismes pathogènes, critères de classement des activités mettant en œuvre ces agents.

La problématique des aérosols :

Définition et caractéristiques des aérosols. Que faire en cas de présence d’aérosols ?

Comment s’en protéger ?

Les confinements : Équipement et Pratiques dans les laboratoires L1 à L4  - Les Postes de Sécurités Microbiologique :

Caractéristiques des différents niveaux de confinement. Les obligations légales relatives aux différents niveaux, passage en revue des équipements spécifiques et des EPI. Quel PSM utiliser ?  Quelles en sont les caractéristiques ? Définition des  Bonnes pratiques de manipulation sous PSM.

Transport de matériel biologique (organismes pathogènes ou Génétiquement modifiés) :

Quelles sont les règles en vigueur pour l'envoi et le transport de matériel infectieux ?

Pratiques de décontamination : usages et limites :

Quelles sont les méthodes d'inactivation de déchets ? Comment décontaminer des surfaces souillées ou du matériel contaminé ?

Présentation du fonctionnement d’un laboratoire intégrant les niveaux L1 – L2 – L2+ –  L3 :

Principe de fonctionnement d’un L3, les particularités du L3-Prion, équilibrage des pressions, système de ventilation…

Visite virtuelle (diaporama + vidéo) de la structure du L3-Prion et d’autres structures de biosécurité L3 et L4.

Biosécurité appliquée aux Prions : confinement, EPI, décontamination, la biosécurité au cœur du laboratoire L3-Prions du centre prions de l’ULg :

Explication des éléments de biosécurité appliqué à la recherche sur les Prions.

Explication des éléments de biosécurité appliqué à la recherche et au test de dépistage de l’ESB : introduction aux exercices pratiques.

Gestion des situations d’urgence dans les laboratoires L1 – L2 – L2+ –L3 – L4 :

La gestion d’un incident et sa classification. Les différentes étapes de gestion en cas de spilling dans des laboratoires de L1 à L4. Que faire pour se protéger ? Quels sont les bons réflexes ? Les plans d’urgence : aspects théoriques et pratiques.

PARTIM PRATIQUE (TP)

Travaux de maintenance d’une infrastructure de Laboratoire L3 :

démonstration, apprentissage, mises en situation et réalisation de certains actes

Mise en situation dans Exercice d’équipement (EPI) - Procédures d’entrée, de sortie normales:

Mise en pratique du suivi des procédures d’équipement à l’entrée et à la sortie du L3 combiné aux différents phasages de décontamination ou de reconditionnement de certaines parties de l’équipement en vue d’une prochaine utilisation.

Mise en situation dans le L3-prion :

Mise en pratique des différentes notions de biosécurité par le biais de mises en situation et de manipulations nécessitant des procédures particulières. Analyse des contraintes de différentes situations simples à gérer dans un environnement L1 : qu’en est-il dans une enceinte biosécurisée L3 ?

La biosécurité dans le dépistage de l’ESB :

Manipulation des éléments du test de dépistage de l’ESB et mise en pratique des éléments de biosécurité de ce test. Manipulation d’abord « à blanc »  en salle de cours, puis en en conditions réelles L3 sur du matériel biologique.

Exercices de gestion d’incident :

Mise en pratique des procédures de plan d’urgence interne et des procédures de gestion d’incidents.

Décontamination :

Etapes et phasage d’une décontamination d’un laboratoire L3.

Visite d’une animalerie L3 :

Problématique des litières, poussières, aérosols, gestion des déchets.

Autres méthodes

Microbiologie / Bactériologie théorie :

Cours théorique : 30 heures durant le 2é Quadrimestre

Microbiologie / bactériologie TP :

Travaux pratiques : 65 heures durant le 2é Quadrimestre

Biosécurité

Cours théorique et Travaux pratiques : 15 heures durant le 2é Quadrimestre

Microbiologie / Bactériologie théorie :

1. Microbiologie, Prescott, Harley, Klein (Editions De Boeck)

2. Bactéries et environnement, Pelmont J. (Presses universitaires de Grenoble)

3. Biology of Microorganisms , Brock, Madigan (Prentice-Hall International Edition)

4. Luciano Paolozzi, Jean-Claude Liébart, Microbiologie, DUNOD, 2015

5. Analyse génétique, Griffiths, Miller, Suzuki, Lewontin, Gelbart (Editions De Boeck)

6. Gene VI, Lewin (Editions De Boeck)

7. Génie génétique, Loncle, Amaudric, Jacoty (Doin)

Microbiologie / bactériologie TP :

1. Microbiologie, Prescott, Harley, Klein (Editions De Boeck)

2. Bactéries et environnement, Pelmont J. (Presses universitaires de Grenoble)

3. Biology of Microorganisms , Brock, Madigan (Prentice-Hall International Edition)

4. Analyse génétique, Griffiths, Miller, Suzuki, Lewontin, Gelbart (Editions De Boeck)

5. Gene VI, Lewin (Editions De Boeck)

6. Génie génétique, Loncle, Amaudric, Jacoty (Doin)