Haute Ecole de la Province de Liège
Informations générales sur l'unité d'enseignement : "BIOTECHNOLOGIE: Génie biologique TP"
| Cycle | 1 | |||||||||
| Niveau du cadre francophone de certification | 6 | |||||||||
| Code | CHI-1-043 2.2.1 | |||||||||
| Crédits ECTS | 4 | |||||||||
| Volume horaire (h/an) | 50 | |||||||||
| Période | Quadrimestre 2 | |||||||||
| Implantation(s) | TECHNIQUE - Liège (Chimie) | |||||||||
| Unité | Orientation | |||||||||
| Responsable de la fiche | Horion, Julie | |||||||||
| Pondération | 40 | |||||||||
| Composition de l'unité d'enseignement |
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| Prérequis | - | |||||||||
| Corequis |
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Acquis d'apprentissage spécifiques sanctionnés par l'évaluation
Planifier des expériences de génie génétiques (organisation du temps, préparation des solutions et des milieux).
Préparer des réactifs, des milieux de culture et des mélanges réactionnels. Effectuer les dilutions nécessaires.
Manipuler stérilement et effectuer les dilutions nécessaires aux comptages de cellules.
Extraire des plasmides et établir un profil de restriction.
Effectuer des transformations de cellules procaryotes (Escherichia coli) et eucaryotes (Saccharomyces cerevisiae).
Communiquer dans un rapport les principes et résultats des manipulations réalisées, en respectant un schéma imposé et en utilisant le vocabulaire adéquat.
Bioinformatique appliquée : Expliquer la difficulté d’analyse des séquences protéiques et nucléiques.
Bioinformatique appliquée : Rechercher un renseignement précis en exploitant les banques de données de bioinformatique en ligne sur le web (EMBL, NCBI, DDBJ, UniprotKB).
Bioinformatique appliquée : Distinguer les notions d’identités, de substitutions conservatrices ou non conservatrices, de similarités, d’homologie, de gap et de score d’alignement (matrices PAM et BLOSUM).
Bioinformatique appliquée : Différencier et pratiquer au laboratoire les différents algorithmes utilisés pour la comparaison de séquences nucléiques et protéiques (Needleman et Wunsch, Smith et Waterman, notion de dot-plot).
Bioinformatique appliquée : Prédire la fonction d’une protéine en utilisant les outils d’alignement mis à sa disposition sur le web (Programmes heuristiques, Fasta, Blast et variantes).
Bioinformatique appliquée : Analyser une sortie de fichier d’un logiciel de bioinformatique et d’évaluer un jugement scientifique objectif.
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Objectifs
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Génie génétique TP :
Le génie génétique est une discipline essentielle qui a révolutionné la recherche en biologie. Les travaux pratiques ont pour but la mise en pratique de manipulation de base de génie génétique.
Bioinformatique appliquée :
L’objectif du cours et des travaux pratiques décrit de manière simple les tâches courantes de la bioinformatique qu’un biologiste/biochimiste doit savoir traiter par lui-même sans avoir recours à un spécialiste comme par exemple.
- Extraire des informations pertinentes dans les banques de données biologiques.
- Est-ce qu’un gène appartient à une famille connue ?
- Existe-t-il d’autres gènes homologues ?
- Recherche de sous motifs communs.
- Etablissement de consensus.
- Comment construire un modèle tridimensionnel de protéine ?
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Contenus
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Génie génétique TP :
Les applications du génie génétique sont basées sur les techniques de base de biologie moléculaire
- Extraction et analyse de plasmides navettes
- Transformation de cellules d’Escherichia coli et de Saccharomyces cerevisiae.
- Production et analyse de produits PCR
Bioinformatique appliquée :
Contenu :
- Introduction et historique
- Information contenue dans les séquences biologiques
- Les banques et bases de séquences biologiques
- Les banques généralistes
- Les banques spécialisées
- La manipulation des données
- La comparaison de séquences
- Notions de similarité, d'identité et d'homologie, Dot-plots
- Principes pour identifier la ressemblance entre 2 séquences
10. Détermination d'un score
11. Les différents types d'alignements
12. La recherche d'alignements optimaux
13. Programmes de comparaison avec les banques
14. FASTA, BLAST
15. Analyse de séquences nucléiques
16. Analyse de séquences protéiques
17. Design et optimisation d'amorce pour PCR (Labo)
18. Blast en stand alone (Labo)
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Méthodes d'enseignement et d'apprentissage
- Travaux pratiques ou dirigés
- Travaux de laboratoire
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Autres méthodes
Génie génétique TP :
20 heures de laboratoire données durant le 2°Quadrimestre
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Evaluation
Bioinformatique appliquée - Examen Ecrit
- Evaluation Continue
Génie génétique TP - Examen Ecrit
- Examen Oral
- Evaluation Continue
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Langue(s) de l'unité d'enseignement
- Français
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Supports de cours
Bioinformatique Anciaux Daniel
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Lectures conseillées
Génie génétique TP :
Gene VI, Lewin (Editions De Boeck)
Génie génétique, Loncle, Amaudric, Jacoty (Doin)
Principes de génie génétique, Primrose, Twyman, Old (Editions De Boeck)