Haute Ecole de la Province de Liège
Informations générales sur l'unité d'enseignement : "BIOCHIMIE: Biologie TP"
| Cycle | 1 | |||||||||
| Niveau du cadre francophone de certification | 6 | |||||||||
| Code | CHI-1-040 2.2.1 | |||||||||
| Crédits ECTS | 4 | |||||||||
| Volume horaire (h/an) | 50 | |||||||||
| Période | Quadrimestre 2 | |||||||||
| Implantation(s) | TECHNIQUE - Liège (Chimie) | |||||||||
| Unité | Orientation | |||||||||
| Responsable de la fiche | CHANAS, Grazyna | |||||||||
| Pondération | 40 | |||||||||
| Composition de l'unité d'enseignement |
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| Prérequis | - | |||||||||
| Corequis |
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Acquis d'apprentissage spécifiques sanctionnés par l'évaluation
Biologie TP: - Appliquer et adapter des protocoles techniques dans le cadre des manipulations pratiquées au laboratoire (étude de la cinétique enzymatique, dosage de l’activité enzymatique, dosage des antioxydants).
- Maîtriser les principes théoriques (comme par exemple la cinétique enzymatique) et pratiques des manipulations réalisées au laboratoire de biologie en intégrant les notions acquises en première année dans les domaines de biochimie, biologie, statistique, mathématique, afin de réaliser correctement des calculs des paramètres étudiés à partir des grandeurs mesurées.
- Savoir mettre en relation la théorie avec la stratégie technique proposée au laboratoire et transposer à des cas similaires rencontrés en entreprise (analyse des antioxydants dans les denrées alimentaires notamment).
- Faire preuve de savoir-être (ponctualité, ordre, propreté, organisation ainsi que respect de consignes, du mode opératoire, des règles de sécurité et du traitement des déchets).
- Organiser son travail en fonction des contraintes des manipulations réalisées, au niveau du temps, du matériel disponible, des spécificités des analyses effectuées, et du travail en équipe.
- Présenter le travail réalisé dans un rapport intégrant les principes théoriques et pratiques, les résultats, leur analyse et interprétation, en utilisant le vocabulaire scientifique adéquat. Critiquer les résultats par rapport aux informations fournies par la littérature scientifique référencée dans une bibliographie.
Bioinformatique théorie et TP: Au terme du cours de bioinformatique, l’étudiant sera capable de : - Expliquer la difficulté d’analyse des séquences protéiques et nucléiques.
- Rechercher un renseignement précis en exploitant les banques de données de bioinformatique en ligne sur le web (EMBL, NCBI, DDBJ, UniprotKB).
- Distinguer les notions d’identités, de substitutions conservatrices ou non conservatrices, de similarités, d’homologie, de gap et de score d’alignement (matrices PAM et BLOSUM).
- De différencier et de pratiquer au laboratoire les différents algorithmes utilisés pour la comparaison de séquences nucléiques et protéiques (Needleman et Wunsch, Smith et Waterman, notion de dot-plot).
- Prédire la fonction d’une protéine en utilisant les outils d’alignement mis à sa disposition sur le web (Programmes heuristiques, Fasta, Blast et variantes).
- Analyser une sortie de fichier d’un logiciel de bioinformatique et d’évaluer un jugement scientifique objectif.
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Objectifs
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Biologie TP
Les travaux pratiques de biologie ont pour but la mise en application des techniques d’analyse et de démarches expérimentales complexes dans l’étude des échantillons biologiques permettant de développer chez l’étudiant à la fois des capacités techniques, un raisonnement scientifique et une esprit critique. L’étudiant sera amené à développer les connaissances des aspects théoriques des manipulations réalisées, à mettre en œuvre un protocole, à réaliser avec exactitude et précision les principaux gestes caractéristiques des manipulations courantes, à organiser son travail et à gérer son temps en travaillant en équipe. L’accent sera mis sur le respect des consignes, l’utilisation correcte des instruments, la capacité à effectuer un bilan des informations obtenues, à rapporter les résultats de manière écrite en les analysant et critiquant par rapport à la littérature scientifique.
Bioinformatique théorie et TP
L’objectif du cours et des travaux pratiques décrit de manière simple les tâches courantes de la bioinformatique qu’un biologiste/biochimiste doit savoir traiter par lui-même sans avoir recours à un spécialiste comme par exemple.
- Extraire des informations pertinentes dans les banques de données biologiques.
- Est-ce qu’un gène appartient à une famille connue ?
- Existe-t-il d’autres gènes homologues ?
- Recherche de sous motifs communs.
- Etablissement de consensus.
- Comment construire un modèle tridimensionnel de protéine ?
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Contenus
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Biologie TP
Extraction et dosage de l’activité des amylases dans plusieurs échantillons biologiques (salive, graines en germination, farine, malt). Etude de la cinétique enzymatique. Extraction et dosage des anti-oxydants et mesure de la capacité antioxydante dans les fruits et le thé.
Bioinformatique
Contenu :
- Introduction et historique
- Information contenue dans les séquences biologiques
- Les banques et bases de séquences biologiques
- Les banques généralistes
- Les banques spécialisées
- La manipulation des données
- La comparaison de séquences
- Notions de similarité, d'identité et d'homologie, Dot-plots
- Principes pour identifier la ressemblance entre 2 séquences
- Détermination d'un score
- Les différents types d'alignements
- La recherche d'alignements optimaux
- Programmes de comparaison avec les banques
- FASTA, BLAST
- Analyse de séquences nucléiques
- Analyse de séquences protéiques
- Design et optimisation d'amorce pour PCR (Labo)
- Blast en stand alone (Labo)
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Méthodes d'enseignement et d'apprentissage
- Cours magistraux
- Travaux pratiques ou dirigés
- Travaux de laboratoire
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Autres méthodes
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Evaluation
Bioinformatique théorie et TP - Examen Ecrit
- Evaluation Continue
Biologie TP - Examen Ecrit
- Examen Oral
- Evaluation Continue
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Langue(s) de l'unité d'enseignement
- Français
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Supports de cours
Bioinformatique Anciaux Daniel Génétique et biologie Travaux pratiques Gilliquet Véronique, Chanas Grazyna
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Lectures conseillées
Bioinformatique théorie et TP :
Sites web: université de Tours(Jamet) et Paris 5
Introduction à la bioinformatique, C.Gibas & P.Jambeck O'Reilly (2001)
Introduction à la bioinformatique X. Tordoir- A.Irrthum Ulg-Biowin (2008 )
Les différents domaines de la bioinformatique (Institut Pasteur de Lille - Erasmus nov 2009)
Biologie TP :
Alberts B. et coll., L'essentiel de la biologie cellulaire, Paris, Flammarion.
Darnell, J. et coll., Biologie moléculaire de la cellule, Bruxelles, De Boeck.
Rawn, J. D., Traité de biochimie. De Boeck Université, Bruxelles. Heller, R., Esnault R., Lance C., Physiologie végétale. Tome I, Nutrition, Dunod
Koolman J., Atlas de poche de biochimie, Flammarion